関東大学サッカーリーグ１部の下位２校は２部リーグの上位２校と、２部の下位２校は関東大会（都県リーグ上位校が出場）上位２校と90分延長戦なしの入替え戦を行います。
なお、リーグ戦や関東大会の累積警告は入替え戦に関係ありません。退場の場合は、リーグ、関東大会、入れ替え戦に関係なく、退場を受けた試合から“至近の公式戦”に出場停止となります。
引分けの場合は以下のとおり。
再試合を行う。再試合でも引分けの場合は上位リーグ８位校の残留。
上位リーグ７位校が残留。
いずれにしても、下位リーグからの出場校は勝たなければ昇格できません。
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《第33回関東大学サッカー大会出場校》
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（東京都大学サッカー連盟公式サイトへのリンク）
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Ａブロック
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Ｂブロック
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桐蔭横浜大学（神奈川１位）
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国際武道大学（千葉１位）
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東洋大学 （東京２位）
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専修大学 （東京１位）
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立正大学 （東京３位）
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流通経済大学（北関東）
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埼玉大学 （埼玉１位）
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國學院大学 （東京３位）
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各ブロック総当たりのリーグ戦を行い、それぞれの１位が入替え戦に出場。順位決定戦により優勝・準優勝を決定する。
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2000年度リーグ戦最終順位
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１部
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１位
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筑波大学
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２位
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東京学芸大学
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３位
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中央大学
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４位
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国士舘大学
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５位
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順天堂大学
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６位
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駒澤大学
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７位
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慶應義塾
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８位
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日本体育大学
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２部
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１位
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青山学院大学
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２位
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東海大学
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３位
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法政大学
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４位
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明治大学
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５位
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東京農業大学
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６位
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亜細亜大学
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７位
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日本大学
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８位
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早稲田大学
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